IRONCAD や CAXA Draft のオプション設定を変更しても、再起動すると元に戻ってしまう場合は、Windows のアカウント権限が原因として考えられます。
IRONCADをユーザー権限で起動している
Windows では、コンピューターに管理者アカウントでログインしている場合でも、一部の操作はユーザーアカウントの権限で実行され、必要なファイルへのアクセスが制限されることがあります。
IRONCAD を [管理者として実行] で起動し、オプション設定を行います。
これにより一時的に管理者権限を有効にします。

[管理者として実行] でオプション設定の変更が保持されることが確認できたら、以降は管理者として実行しなくても IRONCAD を起動できます。
手順は以下の通りです。
〔1〕Windows スタートメニュー → [IronCAD 20xx]フォルダー → [IRONCAD 20xx] を右クリックし、メニューから [管理者として実行] を選択します。
IRONCAD が起動します。
〔2〕オプション設定を変更し、IRONCAD を終了します。
〔3〕IRONCAD を起動し、オプション設定の変更が維持されているか確認します。
〔4〕変更が維持されない場合は、再度 [管理者として実行] を行います。